香港公司的代理协议做香港总商会认证，可遵循以下步骤：

‌1 准备材料‌：

所需认证的代理协议一份。

商业登记证、营业执照副本复印件等。

授权委托书、企业印章备案表（有固定格式）。

2 提交申请‌：

将准备好的资料提交至香港总商会，填写好申请表并确保内容准确无误。

‌3审核与认证‌：

香港总商会对提交的文件进行审核，确认其真实性和合法性后，进行认证。

‌4领取认证文件‌：

认证完成后，前往香港总商会领取已认证的代理协议，或通过邮寄方式获取。

整个认证流程通常需要2-3个工作日。香港总商会认证是国际认可的商事证明书签发机构，经过其认证的文件可获得世界各地海关及领事的认可，具有真实性和有效性‌.